Pagrindiniai antigeno peptidų atrankos principai

Norint pasiekti geriausių rezultatų gaminant antikūnus, būtina kruopščiai suprojektuoti antigeno peptidą.
Konstrukcija turi atitikti pagrindinę sąlygą: imunizacijos proceso metu antigenas nesukels pernelyg didelio imuninio atsako, tačiau tuo pačiu metu jis gali gaminti antikūnus, galinčius prisijungti prie dominančio baltymo.
Nors antigenų kūrimas yra labai sudėtinga tema, į kurią reikia atkreipti dėmesį, tačiau, remiantis mūsų sukaupta patirtimi, yra keletas pagrindinių projektavimo principų, kuriuos galima pateikti jums.

Pradedant naują tyrimo projektą, būtina išsiaiškinti kai kurias pagrindines dominančio baltymo savybes, ypač jei baltymo struktūros žinojimas labai padės atrenkant atpažinimo sritis, kurias antikūnas gali lengvai pasiekti ir atpažinti. Tačiau nesant tokios tikslios struktūrinės informacijos (o tai dažniausiai būna), tyrimo tikslo supratimas turi įtakos peptidų projektavimo strategijai. Pvz.: Jei tiriamasis dėmesys skiriamas skirtingoms baltymo sritims, pvz., C galiniam arba N galui, arba tam tikros būsenos baltymui, pvz., fosforilinimas ir pan., tai polipeptidas, sukurtas pagal reikiamą seką ir atitinkamas sukurtas antikūnas, neturėtų turėti didelių sunkumų. Tačiau baltymo konformacija turės įtakos sąveikai tarp antikūno ir jo atpažinimo srities. Galima problema šioje situacijoje yra ta, kad jei sulankstytame baltyme atpažinimo sritis yra paslėpta baltymo viduje, antikūnas negalės pasiekti šios srities. (Negalima bendrauti).

Paprastai tariant, idealiausia antigeno atpažinimo sritis turėtų būti hidrofilinė, esanti baltymo paviršiuje ir struktūriškai deformuojama. Kadangi daugumoje natūralios aplinkos hidrofilinės sritys dažniausiai būna sutelktos baltymo paviršiuje, o hidrofobinės sritys dažnai yra apvyniotos baltymo viduje. Dėl tos pačios priežasties antikūnai gali sąveikauti tik su atpažinimo sritimis, esančiomis baltymo paviršiuje. Kai šios atpažinimo sritys yra pakankamai struktūriškai deformuotos, kad galėtų pereiti į vietas, kuriose antikūnas gali liestis, jos turės didelį afinitetą su antikūnu.

Ištisinė sritis reiškia atpažinimo sritį, sudarytą iš ištisinių aminorūgščių sekų. Dauguma antikūnų yra nukreipti prieš nuolatinio atpažinimo sritis. Antikūnų gebėjimas prisijungti prie tokių sričių su dideliu afinitetu rodo, kad šios sekos nėra baltyme. Nenutrūkstamo atpažinimo sritis reiškia polipeptidų seką su tam tikra raukšle arba antikūno atpažinimo sritį, jungiančią du atskirus polipeptidus. Kai kuriais atvejais gali būti gaminami ir antikūnai prieš tokias nepertraukiamo atpažinimo sritis, tačiau imunizacijai naudojamas antigeno polipeptidas turi turėti antrinę struktūrą, panašią į nenutrūkstamo atpažinimo sritį, o sekos ilgis turi atitikti atitinkamus reikalavimus.

Siekiant išvengti rizikos, kad atpažinimo sritis bus paslėpta baltymo viduje, paprastai rekomenduojame pasirinkti N, C atitinkančius antikūnus, gaminamus abiejuose galuose. Kadangi nepažeistuose baltymuose N, C Abu galai dažniausiai būna atidengti baltymo paviršiuje. Tačiau svarbu pažymėti, kad membraniniai baltymai C galas yra per daug hidrofobinis ir netinka kaip antigenas.

Paprastai rekomenduojame, kad antigeno polipeptido sekos ilgis būtų tarp 8-20 aminorūgščių liekanų. Jei jis per trumpas, kyla pavojus, kad peptidas bus per ypatingas ir afinitetas (surišimo gebėjimas) tarp pagaminto antikūno ir natūralaus baltymo nebus pakankamai stiprus. Panašiai, jei sekos ilgis viršija 20, galima įvesti antrines struktūras ir pagaminti antikūnai gali prarasti specifiškumą. Be to, kuo ilgesnė peptidinė grandinė, tuo sunkiau ją sintetinti, todėl sunku gauti labai grynus produktus.

Pagrindiniai principai: pridėkite baltymą nešiklį prie galo, esančio toli nuo antikūnų atpažinimo srities, kuri nėra įtraukta į seką. Cys N arba C galo ir Cys atveju Pageidautinas kryžminio-sujungimo metodas.

MacVecfor TM; DAN žvaigždė TM; PC-Gene TM